RNAdvance Cell v2 Performance and Data
배양된 진핵 세포에서 전체 RNA 분리 및 정제
RNAdvance Cell v2 키트는 SPRI 상자성 비드 기반 기술을 기반으로 하는 리보 핵산(RNA) 분리 시약 키트입니다. 세포주에서 고품질 RNA를 정제할 수 있습니다. 이 추출 방법은 2mL 튜브 형식 또는 96-웰 형식으로 수동으로 실행하거나 벡크만쿨터의 다양한 Biomek 액체 핸들링 워크스테이션에서 96-웰 형식으로 자동화할 수 있습니다. RNAdvance Cell v2 키트를 사용하여 PAXgene 보존 혈액에서 추출한 전체 RNA에는 gDNA 및 기타 PCR 억제제가 없습니다.
- 게놈 DNA 및 기타 오염 물질을 효과적으로 제거
- 배양 세포에서 고품질의 전체 RNA를 추출 및 정제하여 유전자 발현을 위한 다량의 샘플 추출 지원
RNAdvance Cell v2를 통한 높은 RNA 회수율
RNAdvance Cell v2 및 기타 공급업체 키트를 사용하여 MRC-5 세포에서 RNA를 추출했습니다. 그림 1(아래)에서는 NanoDrop(Thermo Fisher Scientific)을 사용하여 샘플을 측정했습니다. RNAdvance Cell v2 키트를 사용하여 다른 공급업체 키트 중 3개에 비해 더 많은 양의 RNA를 회수했습니다. 그림 2(아래)에서는 NanoDrop(Thermo Fisher Scientific)을 사용하여 샘플을 평가했습니다. MRC-5의 경우, RNAdvance Cell v2로 정제한 RNA는 만족스러운 수준의 A260/280 비율을 보였습니다.
다양한 세포주에서 RNA 추출 가능
RNAdvance Cell v2를 사용하여 5x104 MRC-5, ACHN, HCT116 및 PANC1 세포에서 RNA를 추출했습니다. 샘플은 NanoDrop(Thermo Fisher Scientific)을 사용하여 측정 및 평가되었습니다. RNA 수율은 세포주에 의존하지만, RNA 품질은 모든 세포주 사이에서 일관되게 나타나며 만족스러운 수준의 A260/280 비율 내에 있습니다.
| 세포 유형 | 수율(µg) | A260/A280 |
|---|---|---|
| MRC-5 | 1.8 | 2.02 |
| ACHN | 0.5 | 1.98 |
| HCT116 | 0.3 | 2.00 |
| PANC1 | 1.0 | 1.93 |
다양한 세포주에서 평균 9.8의 RIN 점수로 고품질 RNA 분리
RNAdvance Cell v2는 고품질 RNA를 분리합니다. MRC-5, ACHN, HCT116 및 PANC1 세포에서 추출된 전체 RNA 및 범용 인체 기준 RNA(Agilent)를 Agilent RNA ScreentTape에서 실행하여 품질을 평가했습니다. 그림 3(아래)은 RNAdvance Cell v2로 분리한 모든 샘플의 RIN 값이 모두 ≥9.4로, 품질이 뛰어나며 온전한 RNA가 회수되었음을 나타냅니다. 그림 4(아래)에서 겔의 제1레인에 해당하는 MRC-5 세포에서 분리된 RNA의 샘플 흔적이 표시되어 있으며, 18s 및 28s rRNA 피크가 두드러집니다.
지노믹 DNA 및 PCR 억제제의 효율적인 제거로 품질 높은 데이터 및 qRT-PCR 작업 결과 확보
PCR 기능은 베타(β)-액틴 유전자(ActB)의 Exon 4 및 5에 걸쳐 327 base pair 앰플리콘을 생성하도록 설계된 프라이머 세트(전방 프라이머 5´-ggacttcgagcaagagatgg-3´ 및 역방향 프라이머 5´-agcactgtgttggcgtacag-3´)를 사용하여 qRT-PCR을 통해 평가되었습니다. 그림 5(위)에서 통제되지 않은 RT는 다운스트림 RNA 작업에 방해가 될 수 있는 DNA가 제거되었음을 보여줍니다. 그림 6(위)에서 RNAdvance Cell v2 키트를 사용하여 4개의 세포주에서 분리한 RNA는 증폭이 가능하며 이 키트가 PCR 억제제를 제거했음을 나타냅니다. 그림 7(우측)에서, RNAdvance Cell v2 및 3개의 다른 공급업체 키트를 사용하여 ACHN 세포에서 추출된 RNA를 역전사 효소가 포함된 qRT-PCR과 포함되지 않은 qRT-PCR에 사용했습니다. RNAdvance Cell v2 및 공급업체 A, B의 키트에서는 DNA가 충분히 제거되었지만 공급업체 C의 키트는 역전사 효소가 없어도 역전사 효소가 있는 경우(DNA 오염을 의미)와 동일한 증폭이 나타났습니다.
시각적 워크플로우
- 용해 완충액 및 단백질 분해 효소 K를 사용하여 세포 용해
- RNA를 자성 비드에 결합
- 오염 물질로부터 자성 비드 분리
- 오염 물질을 제거하기 위해 세척 완충제 및 70% 에탄올로 자성 비드 세척
- 샘플을 DNase로 처리
- 세척 완충제를 사용하여 RNA를 자성 비드에 재결합
- 오염 물질을 제거하기 위해 70% 에탄올로 자성 비드 세척
- 자성 비드에서 RNA를 용출
- 저장을 위해 새로운 플레이트로 이동합니다.
컬럼 기반 키트 사용자 대비 적은 피펫 작업으로 짧은 시간 안에 샘플에서 RNA 추출
그림 8(위)은 RNAdvance Cell v2 또는 컬럼 기반 공급업체 키트를 사용하여 1-96개 샘플에 대해 RNA를 추출한 총 시간을 나타냅니다. RNAdvance Cell v2를 사용하면 30개의 샘플부터 세포에서 RNA를 추출하는 총 시간이 단축됩니다. 그림 9(위)는 1, 8, 24, 48 및 96개 샘플에 필요한 샘플 내 분배, 샘플 혼합 및 팁 폐기를 포함하는 총 피펫 작업 수를 보여줍니다. 복수 채널 피펫을 사용할 수 있어 컬럼 기반 공급업체 키트보다 피펫 작업이 훨씬 적습니다.
배치 크기 또는 전체 처리량을 기준으로 수동 또는 자동화 방법에 사용
8, 24, 48 및 96 RNA 추출을 수행하는 데 필요한 실습 시간 및 총 시간(시간). 이 방법은 Biomek i7 하이브리드에서 수동 또는 자동으로 수행할 수 있습니다. 수동과 자동화의 시간 차이를 확인할 수 있습니다(NR=권장되지 않음).
| RNAdvance Cell v2 | 수동 | 자동화 | ||
|---|---|---|---|---|
| 배치 크기 | 8 | 수동 시간 | 0.25 | 0.25 |
| 총 시간 | 1.15 | 2.43 | ||
| 24 | 수동 시간 | 0.25 | 0.25 | |
| 총 시간 | 1.30 | 2.50 | ||
| 48 | 수동 시간 | NR | 0.50 | |
| 총 시간 | NR | 2.86 | ||
| 96 | 수동 시간 | NR | 0.50 | |
| 총 시간 | NR | 3.08 | ||
세포에서 RNA를 분리하기 위한 RNAdvance Cell v2 제품
RNAdvance Cell v2 시약 키트는 처리량 요구에 따라 두 가지 크기의 키트로 제공됩니다. 구매하거나 견적을 요청하려면 아래의 특정 부품 번호를 클릭하십시오. 자세한 내용은 RNAdvance Cell v2이 포함된 세포에서 RNA 분리 페이지를 참조하십시오.
| 부품 번호 | 이름 | PREP |
|---|---|---|
| A47942 | RNAdvance Cell v2 키트 | 100 |
| A47943 | RNAdvance Cell v2 키트 | 960 |
질병 또는 기타 상태의 진단 용도로 의도되거나 검증되지 않았습니다.
여기에 언급된 벡크만쿨터, 스타일 로고 및 벡크만쿨터 제품 및 서비스 마크는 미국 및 기타 국가의 Beckman Coulter, Inc. 상표 또는 등록 상표입니다. 다른 모든 상표는 해당 소유자의 자산입니다.
