생물학적 연구에서 DNA 시퀀싱의 응용이 증가하고 있습니다. 이러한 성장의 중요한 동인은 인간, 여러 동물, 식물 및 미생물 종의 완전한 DNA 시퀀스 또는 유전체를 얻는 데 중요한 현대적인 DNA 시퀀싱 기술인 차세대 시퀀싱(NGS)입니다.

NGS는 신속성, 신뢰성, 비용 효율성을 제공할 수 있습니다. 그러나, 이러한 유익성은 시퀀싱 대상 DNA의 품질에 따라 달라집니다. 시퀀싱 프로세스의 초기 단계의 품질 불량이나 비효율성은 나중에 오류, 재작업 또는 폐기물에 대한 추가 비용으로 이어질 수 있습니다. DNA 시퀀싱이 표적 약물 개발, 테스트, 제조, 또는 위험한 바이러스와 유행의 추적 및 격리를 좌우하는 경우, 무분별하게 업스트림으로 빨리 진행해 결과를 위험에 노출해서는 안 됩니다.

세척 키트는 NGS 프로세스에서 핵심적인 부분입니다. 이 키트는 효율성과 품질에 대한 즉각적 영향이 미치며 다운스트림에도 중요한 영향을 미칩니다. 저렴하지만 성능과 품질이 나쁘고 효율성이 떨어지는 키트를 사용해 샘플 당 비용을 줄이기만 하는 것은 DNA 시퀀싱 작업을 업을 위태롭게 할 만한 가치가 없는 것이 분명합니다.

따라서, NGS 작업을 시작하거나 다른 세척 키트 용액으로의 전환을 고려할 때, DNA 시퀀싱 세척 키트를 선택하기 전에 조사를 실시하고 다른 제품과 전반적인 성능을 비교하는 것이 중요합니다. 키트 비용이 항상 한 요인이긴 하지만, 저렴한 다른 제품으로 전환하는 것이 반드시 더 유용한 것은 아니며 가격에만 초점을 맞추면 매우 바람직하지 않은 결과를 초래할 수 있습니다.

요인 1 – 수득률

첫 번째의, 그리도 아마도 가장 명백한 요인은 최종 DNA 농도는 시작 DNA 농도로 나누어 100%를 곱한 퍼센트 수득률입니다. 최적의 품질과 효율성을 위해, 퍼센트 수득률은 80%~95% 범위여야 합니다. 수득률이 낮으면 다운스트림 데이터 품질이 저하될 수 있습니다. 모든 세척 키트가 일관되게 높은 수득률을 달성할 수는 없습니다(그림 1 참조).

요인 2 - 순도

우수한 품질의 DNA는 A260/A280 비율이 최소 1.8이어야 합니다. 낮은 등급은 단백질 오염을 나타냅니다. 유사하게, A260/A230 비율이 2.0 미만이면 다른 오염물질이 있다는 의미입니다.

요인 3 – 시간

시간은 흔히 가장 소중한 자원입니다. 세척 시간이 짧을수록 더 좋습니다. 세척 단계 당 30~45분의 차이(그림 2 참조)는 라이브러리 구성 키트를 실행할 때 추가 세척 단계가 필요할 때마다 배가됩니다. 예를 들어, 3회의 세척 단계는 1.5시간 ~ 2.25시간의 차이를 의미합니다. 이 차이는 전체 NGS 활성도가 증가함에 따라 다시 배가됩니다.

요인 4 - 예측 가능한 성능

DNA 단편 크기의 균일성은 DNA 시퀀싱의 품질과 효율성에 영향을 미칩니다. 시퀀싱을 위해 단편에 어댑터가 추가될 때 염기쌍(bp) 길이가 추가될 수 있도록 정확한 초기 단편 크기를 목표로 해야 합니다. 이상적으로는, 다른 결합 비율이 될 때 단편 크기 농도가 높게 유지되고 예측 가능한 것입니다(그림 3의 AMPure XP에 대한 그래프 참조). 이는 사용자가 한 세척 키트에서 다른 키트로 전환하는 것을 고려 중인 경우 중요한 요인입니다. 아래 트레이스는 피크 높이와 회수의 상대적 차이를 나타냅니다(그림 3).

요인 5 – 전환의 위험

위에서 제시한 다른 세척 키트에 대해 서로 다른 DNA 단편 크기 농도를 제공하는 결합 비율의 예는 다른 세척 키트 전환의 위험 중 하나입니다. 다른 위험 요인은 다음과 같습니다.

• 새로운 세척 키트를 평가하는 데 필요한 추가 시간과 노력
• 새 제품이 원 제품만큼의 성능을 수행하지 않는 경우 이후 시퀀싱 재작업을 해야 하는 위험
• 라이브러리 키트 공급업체에서 권장하지 않은 세척 제품으로 "오프 라벨" 사용을 하는 경우, 라이브러리 키트 공급업체가 문제 해결 지원을 철회하는 경우

결론

저렴한 DNA 시퀀싱석 키트는 성능이 부실해 NGS의 전반적인 결과가 위태로와질 수 있습니다. 위험에는 시간 낭비와 최적하 효율성, 불완전한 발견이 포함됩니다.

이에 비해 AMPure XP는 DNA 시퀀싱 업무를 수행하는 기업과 조직에 실제로 중요한 로트 간 성능 일관성과 신뢰성, 제조용 품질, 실시간 전달을 목표로 합니다.

라이브러리 구성 키트 제조업체 215곳이 AMPure XP를 추천합니다. 이러한 키트의 공급업체들은 AMPure XP를 유일한 세척 옵션으로 권장합니다. 또한 AMPure XP는 Google Scholar의 21,000개 이상의 논문에서 인용되었습니다.

AMPure XP를 세척 키트로 사용하면, 시퀀싱 프로젝트를 순조롭게 진행하고 귀하의 고객, 환자, 저널에 계속해서 가능한 최상의 결과를 제공할 수 있습니다.

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